一、以“大病統(tǒng)籌”為主的模式難以從根本上解決農(nóng)民醫(yī)療問題。新型農(nóng)村合作醫(yī)療以“自愿參保”為原則。雖然人均10元的繳費(fèi)標(biāo)準(zhǔn)不會(huì)給農(nóng)民帶來太大的經(jīng)濟(jì)負(fù)擔(dān)，但是健康的青壯年人群患大病風(fēng)險(xiǎn)較小，參與積極性較低，風(fēng)險(xiǎn)較大的高危人群則傾向于參加，這樣逆向選擇極容易導(dǎo)致農(nóng)村合作醫(yī)療基金入不敷出。在政府投入能力有限的情況下，提高繳費(fèi)標(biāo)準(zhǔn)將是維持新農(nóng)合基金運(yùn)轉(zhuǎn)的唯一選擇，但是費(fèi)率的提高必定使農(nóng)民的參合率下降，導(dǎo)致新農(nóng)合基金最終崩潰。同時(shí)，“只報(bào)銷大病”容易誘發(fā)農(nóng)民將“小病當(dāng)成大病醫(yī)”的道德風(fēng)險(xiǎn)，造成醫(yī)療支出的急速上升。此外，和大病相比，對(duì)農(nóng)民健康威脅更為普遍的是常見病和多發(fā)病，1998年全國(guó)衛(wèi)生服務(wù)總調(diào)查表明，農(nóng)村約有37.7%的病人發(fā)病后并未及時(shí)就醫(yī),很多農(nóng)民的大病都是由于耽誤對(duì)小病的治療而形成的。只負(fù)責(zé)大病統(tǒng)籌而疏于對(duì)小病的防治和保健工作，必定不能從根本上改善農(nóng)民的醫(yī)療保障狀況。
二、相同的人均繳費(fèi)標(biāo)準(zhǔn)對(duì)于不同收入水平的農(nóng)民有失公平。在新農(nóng)合開展初期，制定統(tǒng)一的繳費(fèi)標(biāo)準(zhǔn)是操作起來最簡(jiǎn)便的方法，但是在我國(guó)廣大的農(nóng)村地區(qū)，農(nóng)民之間收入差距較大。收入較高的農(nóng)戶往往愿意參合，因?yàn)樵诖蠖鄶?shù)地區(qū)，只需繳納10元就可獲得部分“大病”醫(yī)療保障，回報(bào)率較高。而對(duì)于很多人均純收入不足百元的貧困農(nóng)民群體，10元參合費(fèi)仍是一筆不小的開支，而且繳納后不能馬上見到實(shí)效，因而參與積極性較低。結(jié)果就是——富裕的農(nóng)民獲得了農(nóng)村合作醫(yī)療的好處，而貧困的農(nóng)民仍然沒有得到任何保障，這顯然違背了建立新型農(nóng)村合作醫(yī)療防止農(nóng)民“因病致貧、因病返貧”的初衷。
三、農(nóng)民自愿參合的積極性不高。農(nóng)民自愿參與是新型農(nóng)村合作醫(yī)療順利推行的基礎(chǔ)和根本保證。雖然統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)顯示試點(diǎn)地區(qū)農(nóng)民的參合率大都達(dá)到70%以上，但是這些試點(diǎn)一般都是經(jīng)濟(jì)發(fā)展相對(duì)較好地區(qū)，農(nóng)民的支付能力較強(qiáng)，而且當(dāng)?shù)卣疄榱水a(chǎn)生示范帶動(dòng)效應(yīng)，加強(qiáng)了宣傳投入力度，有些地方為了高參合率甚至出現(xiàn)在強(qiáng)制參合的現(xiàn)象。然而現(xiàn)實(shí)情況是在經(jīng)濟(jì)欠發(fā)達(dá)地區(qū)，農(nóng)民對(duì)參加新農(nóng)合的積極性普遍較差。以欠發(fā)達(dá)的江西贛州為例，調(diào)查結(jié)果顯示50%的參合農(nóng)戶是在干部到家中說服后才交的，20%的農(nóng)戶只是盲目地“別人交，我也交”。在已參合的農(nóng)戶中，70%的人不了解參合知識(shí)，絕大多數(shù)農(nóng)戶對(duì)農(nóng)村合作醫(yī)療的目的和意義一知半解，普遍對(duì)繳納的10元參加的新農(nóng)合抱有較高期望值，希望能馬上得到回報(bào)，然而現(xiàn)實(shí)狀況(大病統(tǒng)籌)又使農(nóng)戶積極性受挫，參合率自然不高。
四、農(nóng)村合作醫(yī)療籌資效率低下，成本過高。由于農(nóng)民對(duì)新農(nóng)合了解甚少，自愿參保積極性很低，為了保證較高的參合率，很多工作人員不得不挨家挨戶進(jìn)行宣傳、說服工作，大部分的參合額都是工作人員一個(gè)一個(gè)談出來的。再加上農(nóng)村地區(qū)農(nóng)民居住非常分散，交通不便，更增加了籌資成本。另外，工作人員辦事效率低下也是導(dǎo)致高籌資成本的重要原因。贛州市的調(diào)查顯示，只有30%的工作人員主動(dòng)學(xué)習(xí)合作醫(yī)療知識(shí)，大部分工作人員都是按部就班地進(jìn)行宣傳講解工作，辦事效率自然就低。據(jù)了解，60%的農(nóng)民對(duì)工作人員的工作作風(fēng)不滿意，進(jìn)一步挫敗了農(nóng)民的參合積極性。
五、農(nóng)村合作醫(yī)療基金管理水平有待提高�，F(xiàn)行的新農(nóng)合基金管理模式主要有獨(dú)立管理模式、銀行(信用社)管理模式和保險(xiǎn)公司參與模式三種。大部分試點(diǎn)地區(qū)采取的是“小而全”的獨(dú)立管理模式，即各地區(qū)建立一套完整獨(dú)立的、自上而下的管理系統(tǒng)，并配合一整套軟、硬件措施。這樣做雖然相對(duì)簡(jiǎn)單，但是它造成了條塊分割、自成體系、相互不能兼容的局面，成為各級(jí)地方財(cái)政的沉重包袱。尤其是在經(jīng)濟(jì)欠發(fā)達(dá)的中西部地區(qū)，這種浪費(fèi)的負(fù)面影響是相當(dāng)大的。部分地區(qū)采用了在銀行(信用社)設(shè)置基金帳戶，做到專戶儲(chǔ)存、專帳管理、專款專用。雖然這樣充分利用了銀行龐大的業(yè)務(wù)網(wǎng)絡(luò)，在收入和支出兩個(gè)環(huán)節(jié)降低了管理成本，但是銀行(信用社)的介入只是部分的，介入層次也很低，并不能真正提高新農(nóng)合基金的管理和使用效率。少部分地區(qū)在新農(nóng)合基金的管理中引入了保險(xiǎn)公司。雖然保險(xiǎn)業(yè)參與有利于控制新農(nóng)合的運(yùn)行風(fēng)險(xiǎn)，有利于節(jié)約政府成本，但是保險(xiǎn)公司面臨的最大問題就是對(duì)醫(yī)療機(jī)構(gòu)的管控力度偏弱，對(duì)醫(yī)療費(fèi)用上漲的控制還不夠，而且引入保險(xiǎn)公司又增加了保險(xiǎn)公司與政府有關(guān)部門、醫(yī)療機(jī)構(gòu)和參合農(nóng)戶的協(xié)調(diào)難度。
六、農(nóng)村醫(yī)療救助制度和農(nóng)村合作醫(yī)療制度未有機(jī)地結(jié)合。醫(yī)療救助制度是由政府統(tǒng)籌協(xié)調(diào)，民政部門組織實(shí)施，衛(wèi)生、財(cái)政部門配合，對(duì)患大病農(nóng)村五保戶和貧困農(nóng)民家庭的醫(yī)療費(fèi)用按一定標(biāo)準(zhǔn)給予適當(dāng)補(bǔ)助，以緩解其因病致病的一種制度。雖然醫(yī)療救助和新農(nóng)合都是為了共同解決農(nóng)民看病就醫(yī)問題，但二者各有一套獨(dú)立的籌資渠道、主管部門和工作對(duì)象。醫(yī)療救助資金主要來源于中央和地方預(yù)算、福利彩票的銷售和社會(huì)捐助等，新農(nóng)合資金則是由中央、地方和農(nóng)戶個(gè)人各負(fù)擔(dān)1/3。醫(yī)療救助制度的運(yùn)行依靠各地民政部門建立的管理機(jī)構(gòu)，而新農(nóng)合工作的開展則依賴于政府指導(dǎo)建立的單獨(dú)的組織協(xié)調(diào)機(jī)構(gòu)和經(jīng)辦、監(jiān)管機(jī)構(gòu)�？傊�，醫(yī)療救助和新農(nóng)合在農(nóng)村地區(qū)是完全割裂運(yùn)行的，二者在機(jī)構(gòu)設(shè)立、人員配備上存在大量的重疊，導(dǎo)致財(cái)政支出的巨大浪費(fèi)。
七、農(nóng)村基層醫(yī)療機(jī)構(gòu)服務(wù)水平低。在全國(guó)大部分省市基本上都實(shí)現(xiàn)了鄉(xiāng)鎮(zhèn)有衛(wèi)生院，村村有衛(wèi)生室，但是由于醫(yī)療設(shè)備條件差，醫(yī)務(wù)人員素質(zhì)低，并不能滿足參合農(nóng)民的醫(yī)療需求。以安徽省16個(gè)“新農(nóng)合”試點(diǎn)縣為例，盡管在鄉(xiāng)鎮(zhèn)衛(wèi)生院就醫(yī)可比鄉(xiāng)外就醫(yī)多報(bào)銷20%的醫(yī)療費(fèi)用，但由于鄉(xiāng)鎮(zhèn)衛(wèi)生院服務(wù)水平太低，60%的農(nóng)戶不得不選擇在費(fèi)用更高的縣及縣以上的大醫(yī)院就醫(yī)。更為嚴(yán)重的是，很多農(nóng)村基層醫(yī)療機(jī)構(gòu)限入了“缺人才——發(fā)展緩慢——經(jīng)營(yíng)困難——更缺人才”的惡性循環(huán)。據(jù)四川省衛(wèi)生廳統(tǒng)計(jì)，四川全省鄉(xiāng)鎮(zhèn)衛(wèi)生院中無專業(yè)學(xué)歷的醫(yī)務(wù)人員占40%，本科、�？茖W(xué)歷的人員僅占9.8%，鄉(xiāng)村醫(yī)生中大專學(xué)歷為1%，無專業(yè)學(xué)歷的為72.5%，農(nóng)村醫(yī)療人才匱乏已成為阻礙“新農(nóng)合”長(zhǎng)期安全運(yùn)行的重要隱患。
八、農(nóng)村醫(yī)療機(jī)構(gòu)服務(wù)監(jiān)管不完善。目前，新農(nóng)合醫(yī)療費(fèi)用報(bào)銷基本上限于公立衛(wèi)生系統(tǒng)，并選擇定點(diǎn)醫(yī)療單位時(shí)也沒有引入競(jìng)爭(zhēng)機(jī)構(gòu)，這就保護(hù)了落后的公立衛(wèi)生機(jī)構(gòu)，不利于醫(yī)療機(jī)構(gòu)工作效率的提高。而且有調(diào)查顯示，很多醫(yī)院被新農(nóng)合選為定點(diǎn)醫(yī)療單位后，次均住院費(fèi)和門診費(fèi)用上漲較快，不合理用藥、不合理檢查問題比較突出，農(nóng)民從報(bào)銷中得到的實(shí)惠被不斷上升的醫(yī)療費(fèi)用抵銷了，在一些地區(qū)，甚至出現(xiàn)了醫(yī)患雙方共同欺騙新農(nóng)合組織，騙取醫(yī)療補(bǔ)助的現(xiàn)象。
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